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Angelo Varlotta

@ang42

Background: biology, data science. I'm interested in applied ml, responsible ai and sustainability. Volunteer @climatematch & @neuromatch. "È tutto sbagliato, è tutto da rifare". (Bartali)

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Latest posts by Angelo Varlotta @ang42

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Calcolatrice elettronica portatile Canon Palmtronic 8-T.
1976 Giappone, un esempio di design #spaceage

01.03.2026 19:07 👍 42 🔁 2 💬 0 📌 0
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La pandemia non ha insegnato nulla alla politica
O forse le priorità di oggi sono altre
#SalviamoSSN

www.ilsole24ore.com/art/a-sei-an...

24.02.2026 09:49 👍 79 🔁 28 💬 2 📌 0

Bellissima riflessione.
E forse il problema non è neanche troppo degli sportivi, che sanno riconoscere il valore degli avversari in una competizione, ma della società moderna che ha dato alle parole di De Coubertain un altro significato, spostando la competizione fuori dallo sport.

22.02.2026 13:06 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0
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kermit the frog is standing in front of a brick wall and saying evil laugh ALT: kermit the frog is standing in front of a brick wall and saying evil laugh
21.02.2026 17:27 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0
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L'Europa contro la Silicon Valley: una battaglia per la democrazia - Valigia Blu La battaglia non riguarda tanto i regolatori europei e la Silicon Valley, quanto piuttosto quello che sembra essere un profondo disallineamento ideologico.

💈 L’Europa contro la Silicon Valley: una battaglia per la democrazia
www.valigiablu.it/europa-silic...

21.02.2026 10:53 👍 100 🔁 32 💬 5 📌 3

The curious case of people living in the badlands, titolo italiano Ultima fermata Eboli.

20.02.2026 23:40 👍 1 🔁 0 💬 0 📌 0
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Sembra una una supernova in infrared....ma è un cellula e i suoi early and late endosomes in Super Resolution

20.02.2026 18:13 👍 25 🔁 2 💬 3 📌 0

📄 Marquez-Legorreta et al., Whole-Brain Co-Mapping of Gene Expression and Neuronal Activity at Cellular Resolution in Behaving Zebrafish, bioRxiv, 2026.
DOI: doi.org/10.64898/202... 12/12

20.02.2026 17:53 👍 2 🔁 0 💬 0 📌 0

La domanda che questo lavoro lascia aperta e su cui riflettere: se l'identità molecolare predice in modo così sistematico il functional coupling brain-wide, quanto dei pattern che chiamiamo "network dynamics" sono in realtà il riflesso diretto della biologia molecolare della cellula? 11/12

20.02.2026 17:53 👍 2 🔁 0 💬 1 📌 0

Considerazioni: il pannello genico è limitato a 41 geni (i recettori con bassa RNA expression sono difficili da rilevare), l'accuracy è attorno all'80%, e lo studio non ha ancora attraversato la peer review. Il campione di n=3 animali per gruppo principale è incoraggiante, ma rimane ridotto. 10/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

L'effetto si osserva persino durante l'attività spontanea, senza alcuno stimolo esterno, e si intensifica durante la visual stimulation. Gli ensemble definiti geneticamente non sono artefatti indotti dagli stimoli: sembrano possedere una coerenza funzionale... 9/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

Il dato più generale, e forse più importante: i neuroni che condividono l'espressione dello stesso gene mostrano activity correlations significativamente più alte rispetto ai neuroni vicini che non lo esprimono. Questo vale per la maggior parte dei 39 geni analizzati, in tutto il cervello. 8/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

Un altro esempio: i neuroni pou4f2_cckb nell'optic tectum rispondono in modo selettivo a stimoli di oscuramento e looming visivo. Gene expression, localizzazione spaziale e risposta funzionale coincidono con una precisione che i metodi tradizionali non avrebbero potuto rivelare. 7/12

20.02.2026 17:53 👍 2 🔁 0 💬 1 📌 0

Un esempio: i neuroni pvalb7+/eomesa+ nel dorsal pallium, struttura omologa all'ippocampo dei mammiferi, mostrano calcium activity strutturata in risposta a compiti comportamentali a soli 6 giorni dalla fertilizzazione. Funzionali ben prima che la struttura raggiunga maturità anatomica. 6/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

Il risultato? 332 molecular subtypes, definiti dalla co-expression di combinazioni di geni, e oltre 2.000 subpopolazioni classificate per funzione, genetica e anatomia. Tutte riproducibili tra animali diversi, il che non è affatto scontato per la mole di neuroni analizzati. 5/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

I numeri dello studio: circa 77.000 neuroni per cervello con profili completi di activity traces e gene expression per 41 geni simultaneamente. Un throughput 200–300 volte superiore ai metodi precedenti che tentavano di collegare funzione e identità molecolare. 4/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

WARP = Whole-brain neuronal Activity and RNA Profiling. Un team del Janelia ha combinato light-sheet calcium imaging (per osservare i neuroni attivi), expansion microscopy e multiplexed in situ hybridization, nello stesso cervello di pesce zebra (zebra fish) 🐟. 3/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

Il problema di fondo: sappiamo da tempo che identità molecolare e attività neuronale sono collegate. Ma studiarle insieme, a livello whole-brain, con risoluzione single-cell, in un animale è fattibile e cosa comporta? Fino ad ora, è stato tecnicamente molto complicato. 2/12

20.02.2026 17:53 👍 1 🔁 0 💬 1 📌 0

È possibile vedere un neurone attivarsi assieme ai suoi geni all'interno del cervello? Il preprint discusso nel thread studia proprio il rapporto tra gene expression e funzione neuronale all'interno dell'organizzazione cerebrale, nel pesce zebra 🐟. WARP (2026)🧵 1/12
#scicomm #neuroscienze #scienza 🧪

20.02.2026 17:53 👍 2 🔁 0 💬 1 📌 0

📄 Marquez-Legorreta et al., Whole-Brain Co-Mapping of Gene Expression and Neuronal Activity at Cellular Resolution in Behaving Zebrafish, bioRxiv, 2026.
DOI: doi.org/10.64898/202... 12/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 0 📌 0

The open question worth sitting with: if molecular identity so reliably predicts functional coupling brain-wide, what does that mean for how we model neural circuits? And how much of what we call "network dynamics" is actually molecular biology in disguise? 11/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

Honest caveats: only 41 genes profiled (receptors with low RNA expression are harder to detect), registration accuracy ~80%, and this is a preprint (peer review pending). Replication in n=3 animals is encouraging but the sample size is modest. 10/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

This held even during spontaneous activity (no stimulus), and was further enhanced during visual stimulation. Gene-defined ensembles appear to be intrinsically coherent, not just stimulus-driven artifacts. 9/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

The headline result: neurons sharing expression of the same gene show significantly higher activity correlations than nearby neurons that don't, brain-wide, for most of the 39 genes tested. Gene identity constrains functional coupling. 8/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

Another: pou4f2_cckb neurons in the optic tectum respond selectively to dimming and looming stimuli. Gene expression + spatial location + function, all aligned. This is what a true functional-genetic-anatomical atlas looks like. 7/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

One concrete finding: pvalb7+/eomesa+ neurons in the dorsolateral pallium, a region homologous to the mammalian hippocampus, already show task-structured calcium activity at 6 days post-fertilization. Functional before the structure fully matures. 6/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

From this, they identified 332 molecular subtypes, defined by co-expression patterns across 40 genes, and over 2,000 functional-genetic-anatomical subpopulations. Each one reproducible across animals. 5/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

The scale is hard to overstate: ~77,000 neurons per brain with both activity traces AND gene expression profiles for 41 genes. That's 200–300x the throughput of previous approaches linking function and molecular identity. 4/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

WARP = Whole-brain neuronal Activity and RNA Profiling. A team at Janelia combined light-sheet calcium imaging (watching neurons fire), expansion microscopy, and multiplexed in situ hybridization (reading gene expression) in the same zebrafish 🐟 brain. 3/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0

The core problem: we've long known that molecular identity and neural activity are linked. But studying them together, brain-wide, at single-cell resolution, in a behaving animal? Until now, technically out of reach. 2/12

20.02.2026 16:21 👍 0 🔁 0 💬 1 📌 0