Loic Lepiniec

The February issue is fully online, with a cover depicting a close-up of clonal plantlets from the amazing Kalanchoe nicknamed "Mother of thousands":
www.nature.com/nplants/volu...

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#RP_INRAE Transitions agricoles, alimentaires et environnementales : Philippe Mauguin PDG d’INRAE et Laurent Buisson DG d’AgroParisTech ont signé le renouvellement d’une convention-cadre avec la volonté de structurer et d’amplifier leur coopération scientifique.
Le communiqué 👉 url.inrae.fr/4c8Kb62

Annotating genomes at increased scale and resolution - Nature Reviews Genetics In this Review, Ji et al. overview how rapidly advancing experimental and computational methods are enabling improved and automated annotation of gene structure and function, providing researchers wit...

Annotating genomes at increased scale and resolution
www.nature.com/articles/s41...

The January issue is now fully online, and free-to-read links to all articles have been posted on Twitter and BlueSky:
www.nature.com/nplants/volu...

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And we are online!!!! It will be an amazing meeting!
Unfortunately, with limited space 😭. So, hurry up!

Second day of @episeedlink.bsky.social Annual Meeting starts with Pablo Manavella, @manavellalab.bsky.social chief-editor of Plant Cell.

The International Conference on Arabidopsis Research, ICAR 2026, 22 - 26 June  | National University of Singapore The International Conference on Arabidopsis Research (ICAR) is the leading annual gathering of the global community of scientists who employ Arabidopsis thaliana as a model system. For nearly four decades, ICAR has showcased the remarkable contributions of Arabidopsis in advancing plant biology, and each year it brings together more than 1,000 scientists from around the world. The 36th ICAR will take place from 22–26 June 2026 at the National University of Singapore, in the heart of one of Asia’s most dynamic cities. Over five days, participants will enjoy keynote lectures, plenary and concurrent sessions, poster presentations, and abundant opportunities for networking and collaboration. Join us in Singapore to share discoveries, exchange ideas, and strengthen connections within our vibrant global community of plant scientists!

The International Conference on Arabidopsis Research, ICAR 2026, 22 - 26 June  | National University of Singapore, https://icar2026.sg

New Article: "Creating a new oilseed crop, pennycress, by combining key domestication traits using CRISPR genome editing" rdcu.be/e0NAR

De novo domestication by identifying and stacking CRISPR-induced mutations to create a new intermediate off-season oilseed crop.

Diversification des productions végétales et nouveaux défis pour l’alimentation : perspectives d’innovations de valorisation des plantes pour une alimentation durable- "Saclay Plant' Innov", 12 mar... Le réseau Sciences des Plantes de Saclay (SPS) et les unités de recherche SayFood et PNCA vous invitent à la prochaine journée des rendez-vous de l’innovation, sur le thème de la diversification des productions végétales et des nouveaux défis pour l’alimentation. Cette journée a pour but de favoriser les échanges entre les équipes de recherche du réseau SPS, des unités SayFood et PCNA et des partenaires du secteur privé pour faire émerger de nouveaux projets innovants.   Les produits végétaux sont une source majeure de macro et micronutriments pour l’alimentation humaine. Leur rôle dans la diversification des sources protéiques suscite un intérêt croissant dans le contexte de la transition agroécologique, notamment en vue de substituer certains produits alimentaires d’origine animale. Cette dynamique implique une évolution et une adaptation des systèmes de cultures, avec un regain d’intérêt pour les espèces végétales riches en protéines et en lipides. Cette diversification s’accompagne d’une attention particulière portée aux qualités nutritionnelle et organoleptique, à la biodisponibilité et la bioaccessibilité de certains nutriments ainsi qu'aux propriétés technologiques de ces produits. Elle génère également de nouvelles contraintes sur les procédés de transformation, de fractionnement et de purification, ainsi que sur la valorisation des coproduits. Cette évolution nécessaire des productions végétales répond aussi aux attentes des consommateurs en matière de santé et d’alimentation, mais également aux questions d'éthique. Une meilleure compréhension de ces différents leviers, de la production à la consommation, est primordiale pour accélérer les transitions agroécologiques et alimentaires.

Diversification des productions végétales et nouveaux défis pour l’alimentation : perspectives d’innovations de valorisation des plantes pour une alimentation durable- "Saclay Plant' Innov", 12 mars, Campus Agro Paris-Saclay,

The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026 The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026

The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026

Un système aéroponique permettant de caractériser les exsudats racinaires du maïs en relation avec la nutrition azotée et phosphorée et la symbiose mycorhizienne arbusculaire L'agriculture durable est essentielle pour répondre à la demande alimentaire. Il est indispensable de comprendre les interactions entre les plantes et le sol pour optimiser les rendements des cultures et apporter moins d'intrants (engrais et traitements chimiques). Les exsudats racinaires régulent le cycle des nutriments et les interactions entre les plantes et les microbes.   À l'aide d'une co-culture de maïs et d’un champignon mycorhizien en système aéroponique , l’équipe d’Alia Dellagi à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) a montré comment Rhizophagus irregularis et les rapports  azote/phosphore (N/P) influencent le niveau des métabolites spécialisés (MS) des exsudats racinaires. Ce dispositif unique mis au point permettra d'étudier les exsudats racinaires des racines mycorhizées, ce qui constitue une avancée majeure.   En résumé, cette étude montre le potentiel des systèmes aéroponiques en tant qu'outil robuste pour simuler les conditions physiologiques, offrant ainsi la possibilité de récolter des informations uniques pour comprendre comment les exsudats racinaires influencent l'assemblage du microbiote en fonction de la disponibilité des nutriments. Les développements futurs pourraient impliquer l'utilisation de consortiums microbiens (CMA + bactéries) dans le système aéroponique afin d'étudier le rôle de la composition des exsudats racinaires et de la symbiose sur l'assemblage et le fonctionnement du holobionte végétal en relation avec le génotype de l'hôte et les facteurs environnementaux tels que la disponibilité des nutriments.   Légende Figure : Culture aéroponique de maïs mycorhizée par le champignon mycorhizien à arbuscules  Rhizophagus irregularis.   -> Contact : alia.dellagi@agroparistech.fr

Un système aéroponique permettant de caractériser les exsudats racinaires du maïs en relation avec la nutrition azotée et phosphorée et la symbiose mycorhizienne arbusculaire

The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026 The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026

The Saclay Plant Sciences Graduate School of Research (SPS) wishes you a Happy New Year 2026

Postdomestication selection of MKK3 shaped seed dormancy and end-use traits in barley "Anthropogenic selection of grain traits such as dormancy has shaped the developmental trajectories of crops. In cereals, shortening dormancy provides rapid and even postharvest germination, but increases the risk of weather-induced preharvest sprouting, with yearly harvest losses beyond 1 billion dollars. Our understanding of how, why, when, and where cereal dormancy diversification arose is fragmentary. Here, we show in the founder crop barley (Hordeum vulgare) that dormancy is primarily regulated through a mosaic of locus haplotypes comprising copy number variation and inherent kinase activity of Mitogen-activated protein kinase kinase 3 (MKK3). We provide evidence supporting the historical selection of specific MKK3 haplotypes that shaped dormancy levels according to changing climatic pressures and outline a genetic framework for breeders to balance grain dormancy and preharvest sprouting avoidance".

Postdomestication selection of MKK3 shaped seed dormancy and end-use traits in barley, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41196947/

ARF3-mediated auxin signaling is essential for sex determination in cucumber "Sex determination underpins genesis of male and female flowers with particularly important implications in plant breeding. Auxin and ethylene regulate femaleness in cucurbits. In this work, we identified an auxin response factor 3 (CsARF3) that plays an essential role in carpel development in cucumber. Deletion of CsARF3 resulted in an androecious phenotype with only male flowers, whereas overexpression of CsARF3 led to an increased number of female flowers. CsarF3 promotes femaleness by directly stimulating the expression of the meristem maintenance gene CsSTM and repressing the activity of the gynoecious gene CsWIP1. Auxin and ethylene exhibit a reciprocal relationship during sex determination, in which ethylene promotes carpel formation through auxin at the early stage of flower development. The auxin signaling in carpels then enhances ethylene biosynthesis to inhibit stamen development"

ARF3-mediated auxin signaling is essential for sex determination in cucumber, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41379936/

The plant ontology of cell types 

The plant ontology of cell types, https://doi.org/10.1016/j.molp.2025.12.025

Catherine Bellini, lauréate du Prix Rosén Linné de Botanique 2025 Le prix Rozén Linné de Botanique est décerné à Catherine Bellini en reconnaissance de ses travaux de recherches et de son investissement pour la promotion de la recherche internationale. Ces prix sont décernés tous les trois ans à deux chercheurs méritants en botanique et zoologie résidant en Suède   Les missions de longue durée et les mises à disposition constituent à INRAE des dispositifs de mobilité stratégiques favorisant le développement de collaborations scientifiques au sein de laboratoires partenaires, tant en France qu’à l’étranger. Ces dispositifs représentent un levier majeur pour l’établissement et la consolidation de partenariats de recherche pérennes, notamment dans le cadre de projets de coopérations internationales. C’est dans ce contexte que Catherine Bellini a pu étendre ses activités de recherche au sein d’un laboratoire « hors les murs » mis en place dès 2005 entre l’Umeå Plant Science Centre -UPSC et INRAE.   Directrice de recherche INRAE à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) et professeure à l'UPSC (Université d'Umeå, Suède), Catherine Bellini conduit des recherches sur deux domaines différents. A l’UPSC, son équipe étudie le développement des racines adventives, une étape clé et limitante dans la propagation végétative d'espèces d'arbres économiquement importantes. A l’IJPB, dans l'équipe "Carbone, allocation, transport, signalisation" CATS dirigée par Sylvie Dinant, elle s'intéresse au transport du sucre et à l'allocation du carbone, ainsi qu’à leur rôle dans le développement des plantes et leur interaction avec l'environnement.   Lire la suite de l’Actu IJPB   -> Contact : catherine.bellini@umu.se / catherine.bellini@inrae.fr

Catherine Bellini, lauréate du Prix Rosén Linné de Botanique 2025

Congrats Massi, for receiving the Fonds Léon et Henri Fredericq Prize from the Académie Royale de Belgique www.linkedin.com/feed/update/...

Commission Bioeconomy Strategy to drive green growth, competitiveness and resilience across Europe COMMUNICATION FROM THE COMMISSION TO THE EUROPEAN PARLIAMENT, THE COUNCIL, THE EUROPEAN ECONOMIC AND SOCIAL COMMITTEE AND THE COMMITTEE OF THE REGIONS A Strategic Framework for a Competitive and Sustainable EU Bioeconomy  

Commission Bioeconomy Strategy to drive green growth, competitiveness and resilience across Europe

4th International Congress on Strigolactones (ICS2026) - Paris, 5-8 October 2026

"Plant single cell RNAseq workshop: From current technologies to data analyses"  Saclay Plant Sciences Summer School, June 28 - July 3, 2026 – Versailles (France) This Summer school is organized by the Saclay Plant Sciences (SPS) network, one of the largest European plant sciences communities.   scRNAseq approaches have revolutionized the way biologists approach their research subjects, by making it possible to dissect molecular mechanisms at the single-cell level. But although technological developments have recently made these approaches more accessible, their expensive use still requires significant technical training, including the good conception of experimental designs, the preparation of samples as well as their bioinformatics analyses. In addition, different protocols and various bioinformatics and statistical analyzes are available, and it can be difficult to choose the most relevant ones for the biological question at hand.   Over five days, the SPS Summer School 2026 will cover all the stages of a scRNAseq project in plants. Through a combination of lectures and practical work, the many specific features of plant models will be highlighted by experts from the Saclay Plant Sciences network (CNRS and INRAE), the ViB in Ghent and the Pasteur Institute. After this international school, participants will: –    Have an overview of the different scRNAseq technologies and understand their pros and cons. –    Be able to design experiments depending on the biological question.  –    Be trained on sample preparation techniques for single cell and single nuclei –    Understand the different steps of bioinformatics and statistical analysis –    Have a better biological interpretation of results –    Have facilitated exchanges with technology platforms, bioinformaticians, and biostatisticians in order to successfully complete their scRNAseq project The summer school will bring together outstanding and enthusiastic young scientists (PhD students and post-docs) from all over the world in order to exchange knowledge and ideas. It is limited to a small group of participants (20 maximum) to privilege informal interactions and scientific discussions   Application deadline: March 12, 2026 (midnight) Answers will be sent mid-April at the latest.    

"Plant single cell RNAseq workshop: From current technologies to data analyses"  Saclay Plant Sciences Summer School, June 28 - July 3, 2026 – Versailles (France)

"Priming, Stress & Epigenetic Memory: an integrated view from model plants to crops" EpiSeedLink International Conference 2026, 9-10 February Amsterdam   ▪ Seed to Seedling transition ▪ Environment and Stress ▪ Epigenetic Memory and Chromatin Regulation ▪ Crop Breeding and Priming https://episeedlink.eu/episeedlink-international-conference-2026/ Abstract submission deadline for selected oral and poster presentations: 10 December 2025

"Priming, Stress & Epigenetic Memory:
an integrated view from model plants to crops" EpiSeedLink International Conference 2026, 9-10 February Amsterdam

Superbe présentation d'applications #FLIM #FRETFLIM #STEDFLIM par Julie Lesieur au #JST2025 @ijpb-versaillescly.bsky.social
@inrae-france.bsky.social
#Versailles
rmui.hub.inrae.fr/les-j.s.t.-d...

🔬 Day 2 of the INRAE Microscopists Network at #IJPB brought more inspiring talks and stunning imagery in electron and label-free microscopy.

✨ Congrats to all award winners — with a special shout-out to our home team: David Rapaport, Aurélie Hurel, Grégory Mouille, and Mattéo Caroulle!

🔬 Afternoon workshops at #IJPB covered a wide range of cutting-edge imaging techniques: FLIM & STED, microfluidics, expansion microscopy, pH biosensors, laser microdissection, Mesospim, and more! #RMUI

@inrae-france.bsky.social

🌱 #IJPB Seminar
Welcoming Dr. Hirotaka Kato @hirotakakato.bsky.social invited by David Bouchez (SPACE team) 🔬 👉 Details: bit.ly/4hVcwxc

📅 Nov 17, 2025 – 14:00
📍 INRAE IdF – Versailles–Saclay

ℹ️ More info: bit.ly/3JKktcb

🚀 Looking forward to a great scientific exchange!

Genomic atlas of 8,105 accessions reveals stepwise domestication, global dissemination, and improvement trajectories in soybean https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)01038-4   • Black soybean is an evolutionary intermediate during soybean stepwise domestication • Huanghuai region and northwest China are two soybean domestication centers • Spatiotemporal selection of genes during soybean dissemination and improvement • Established online quantitative trait nucleotide library and variation map database  

Genomic atlas of 8,105 accessions reveals stepwise domestication, global dissemination, and improvement trajectories in soybean, https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)01038-4

Reprogramming of microspore fate via BBM-BAR1 for highly efficient in vivo haploid induction  Highlights - Ectopic BBM expression in microspores triggers in vivo androgenesis within anthers - BAR1 is a direct BBM effector that reprograms microspore fate for embryogenesis - BBM/BAR1 expression can substitute for stress treatment in androgenesis induction - A conserved BBM-BAR1 module enables highly efficient in vivo haploid induction

Reprogramming of microspore fate via BBM-BAR1 for highly efficient in vivo haploid induction