Guilherme M. Arantes

Many thanks to wonderful co-authors Caroline Pereira, Injae Chung, John Wright and Judy Hirst! 🙂

🚀 Our paper "Post-catalysis structures of mitochondrial complex I with ubiquinol-10 bound in the active site" is now published!

We capture the reduced product in the active site and reveal binding transitions during the catalytic cycle. Check it out! 🤓

www.nature.com/articles/s41...

Yep, same here. I guess we often aim for higher impact, but hear from general audiences or publishers that theory or methods are too specialized... It is hard to strike a balance.

Maddipatla, Rzayev, Pegoraro, Pacesa, Schanda, Marx, Vedula, Bronstein: Inference-time optimization for experiment-grounded protein ensemble generation https://arxiv.org/abs/2602.24007 https://arxiv.org/pdf/2602.24007 https://arxiv.org/html/2602.24007

Fulbright Postdoc in Brazil in partnership with FAPESP The Fulbright Postdoc program in Brazil opens in February 2026 U.S. scholars in all disciplines can apply to the fellowships in partnership with FAPESP

Interested in a 12-month postdoc in Brazil? 🇧🇷 Join us in vibrant São Paulo for cutting-edge research in biomolecular simulation and design. 🤓

Check out the details here: fulbright.org.br/awards-for-u...

Cartum de Adão Iturrusgarai na piauí.

I am not enjoying! This sport is about conquering territory, so I want (Pats) touchdowns!

As a Brazilian I find it so funny you call this sport football!

Now out in JACS! 🎉 : "Computing Solvation Free Energies of Small Molecules with Experimental Accuracy"! It's been a pleasure to collaborate on this with Harry Moore (@jhmchem.bsky.social) & Gábor Csányi pubs.acs.org/doi/10.1021/...

Se inscrevam!
www2.sbbq.org.br/jovemtalento/

O dossiê do GGN sobre o caso Master Uma compilação das investigações, dos envolvidos e das revelações que expõem a maior crise do mercado financeiro brasileiro

O dossiê do GGN sobre o caso Master
Uma compilação das investigações, dos envolvidos e das revelações que expõem a maior crise do mercado financeiro brasileiro
jornalggn.com.br/noticia/o-do...

Interessante, qual a fonte? Tem a divisão por área/produto? Rússia e Alemanha devem ser fertilizantes, EUA dever ser variado. E França? Champanhe que não é! 😂

Um novo horizonte para as ciências da vida através da IA, por Guilherme M. Arantes O futuro será moldado pela capacidade de integrar conhecimento biológico diverso e detalhado com ferramentas computacionais avançadas.

O futuro será moldado pela capacidade de integrar conhecimento biológico diverso e detalhado com ferramentas computacionais avançadas.

jornalggn.com.br/artigos/um-n...

Documentário A Caixa-Preta da Lava Jato estreia em 13 de janeiro O documentário mostra que a Lava Jato lançou mão de expedientes heterodoxos que ainda não foram investigados nem punidos

A Caixa-Preta da Lava Jato: Novo documentário do GGN estreia em 13 de janeiro; assista ao teaser

O documentário mostra que a Lava Jato lançou mão de expedientes heterodoxos que ainda não foram investigados nem punidos
jornalggn.com.br/destaque-cap...

De novo design of metalloproteases for targeted amyloid-β cleavage

Figure 1

Figure 2

Figure 3

De novo design of metalloproteases for targeted amyloid-β cleavage][new]
Generative model Proteus2 designs metalloproteases to target and cleave specific amyloid-β peptide bonds, demonstrating sequence-specific proteolysis.

"Choosing problems is the primary determinant of what one accomplishes in science."
'Now What?' by Nobel Laureate John Hopfield should be required reading for aspiring scientists.
pni.princeton.edu/document/1136

Merry Christmas! 🎄 🎁 🤩

As someone trained in physics, this project really helped me learn the nuances of denoising diffusion models. The “time” variable acts as an alchemical transformation—e.g. RFDiffusion transforms between protein structure and an ideal gas.

Read the paper here!
www.biorxiv.org/content/10.1...

Primordial?!

Essencial é melhor e mais comum. E o chatty não usa tanto...

Moral Politics : How Liberals and Conservatives Think Moral Politics : How Liberals and Conservatives Think [Lakoff, George] on Amazon.com. *FREE* shipping on qualifying offers. Moral Politics : How Liberals and Conservatives Think

Este livro, que li há uns 10 anos, discute isso. Muita gente na direita de fato acredita naquilo q está dizendo:

www.amazon.com/dp/0226467716

Exato, isso q me pergunto vira-e-mexe: será q esse pessoal acredita piamente noq diz, ou sabem q tão tentando enganar geral?

@mit.edu just announced an initiative for quantum technologies. In the less than five months here, this is the second large-scale strategic launch I've seen. It's impressive how naturally it brings together faculty like Eric Lander, Peter Shor, and Wolfgang Ketterle to support it.

Computational Immunologist - Boston, Massachusetts (US) job with Ragon Institute of MGH, MIT, & Harvard | 12849577 The Ragon Institute of Massachusetts General Hospital, Massachusetts Institute of Technology, and Harvard in Cambridge MA, together with the Departmen

The @ragoninstitute.bsky.social is launching a new faculty search for a computational immunologist! Applications are open now and reviewed on a rolling basis. Please share broadly with your networks! #immunosky

www.nature.com/naturecareer...

Um mapa interessante.

“AI is the asbestos in the walls of our technological society, stuffed there with wild abandon by a finance sector and tech monopolists run amok. We will be excavating it for a generation or more.”

tl:dr don’t be anti-AI, be anti-bubble and anti-monopolist and anti-bubble BS hype

schedule introduction and membership Boston Protein Design and Modeling Club (BPDMC) is a community of computational protein engineers and modelers from both academia and industry. While we are based in Boston...

Join us Wednesday December 10th for an amazing seminar by @yehlincho.bsky.social to cap off 2025. See you at 7pm EST in Room 6055, Longwood Center @danafarber.bsky.social

"How AF3-Style Structure Prediction Models Can Be Used for Protein Design: BoltzDesign and Protein Hunter"

bpdmc.org

Negativo ou positivo,? Digo, gastos ou comprados?😂

Serpro: Brasil está vendendo sua soberania digital? | Outras Palavras Em troca de “pacotes de nuvem”, empresa pública entrega dados sensíveis -- do SUS à Receita Federal – para as big techs. Há o risco dos EUA também acessá-los. Resgatar princípios do software livre, ho...

e digo mais: servidores estrangeiros em solo brasileiro não só não garante soberania como pode ser cavalo de troia CONTRA nossa soberania territorial.

quem acha exagero é pq não conhece a ideologia neoreacionária, nem sabe como pensam o Thiel, o Altman e outros "fundadores" de empresas de IA.