Q-Lab

I'm guest-editing a collection on "Enhancer-promoter interactions" at Genome Biology. Please send us your exciting stories!

link.springer.com/collections/...

PhD position to study epigenomic diversity and altitude adaptation in Arabis alpina

✨Call open for a fully-funded PhD position✨
Looking for an enthusiastic student to join my upcoming Ambizione research group (🌱 Epigenome Diversity Lab 🌱, www.epidiversitylab.org) at ETH Zürich, starting August 2026! Apply here ↘️
jobs.ethz.ch/job/view/JOP...
Application deadline: January 31st, 2026

Well done Julia!!! Congratulations 👏 👏

Leandro Quadrana, lauréat d’une bourse « ERC Consolidator » Le Conseil européen de la recherche a annoncé le 9 décembre les lauréats des bourses « Consolidator », qui soutiennent chaque année de nombreux projets de scientifiques en milieu de carrière. Leandro Quadrana, directeur de recherche à l’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), a été retenu pour son projet HosTEome   La recherche de Leandro Quadrana combine des approches de génétique moléculaire, de génomique des populations et de biologie computationnelle pour comprendre comment les éléments transposables façonnent les génomes et l’adaptation des organismes. Après une thèse (2008-2013) réalisée à l’Université de Buenos Aires, il rejoint l’équipe de Vincent Colot à l’Institut de biologie de l’École normale supérieure à Paris comme chercheur post-doctoral, où il étudie le contrôle épigénétique des éléments transposables. Recruté au CNRS en tant que chargé de recherche en 2017, il crée et dirige depuis 2021 l’équipe « Génomique et épigénomique des plantes » au sein de l’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette). Grâce au programme Momentum du CNRS et une ERC Starting Grant, son équipe a mis en place des approches expérimentales et bio-informatiques pour suivre l’activité des éléments transposables dans des populations entières de plantes et en réponse aux changements environnementaux. Ses travaux ont été récompensés par la médaille de bronze du CNRS en 2021 et ont contribué à positionner son équipe comme un acteur majeur de l’étude des « gènes sauteurs » chez les plantes.   Le projet « HosTEome » s’intéresse aux éléments transposables (ETs) dans le génome des plantes, parfois appelés « gènes sauteurs », qui sont des séquences d’ADN capables de changer de position et de se multiplier dans le génome. Longtemps considérés comme de l’« ADN poubelle », ils sont aujourd’hui reconnus comme des moteurs essentiels de l’évolution, et occupent une part importante des génomes de la plupart des organismes. Jusqu’à présent, la recherche s’est surtout concentrée sur les mécanismes associés à leur mobilisation, sur leurs impacts en termes de mutations génétiques, et sur les mécanismes épigénétiques qui les maintiennent sous contrôle. Pourtant, les ETs ne sont pas de simples séquences répétées : ils codent des protéines spécialisées qui catalysent leur déplacement et interagissent avec l’environnement cellulaire. La nature de ces interactions et leur impact sur la capacité des ET à se propager restent cependant largement méconnus.   Le projet « HosTEome » vise à mieux comprendre comment les protéines des ETs et celles de leurs génomes-hôtes s’influencent mutuellement, et comment ces relations contribuent, à long terme, à façonner la structure et l’évolution des génomes. Pour cela, le projet mobilisera des approches de protéomique, d’interactomique, d’épigénomique, de bioinformatique, et de génomique guidée par l’intelligence artificielle, afin d’explorer ces interactions et leur diversification à grande échelle au cours de l’évolution des eucaryotes.   ->Contact : leandro.quadrana@universite-paris-saclay.fr

Leandro Quadrana, lauréat d’une bourse « ERC Consolidator »

ERC Consolidator : cinq personnalités liées à l’Université Paris-Saclay récompensées pour leurs projets !
- EMPhaSys
- TENUMEL
- HARMONICON
- REGEM
- HosTeome
 
🔗 tinyurl.com/54ekaf82

Leandro Quadrana

🎉 Congratulations to Leandro Quadrana (@leandroquadrana), @CNRS researcher at @IPS2ParisSaclay, for obtaining the prestigious #ERCCoG HosTEome!
#ERC #Genomics #Research #AIinBiology #CNRS #UniversitéParisSaclay #PlantScience
ips2.u-psud.fr/en/articles/...

ERC Consolidator Grant 2025 : les bourses hébergées au CNRS

🇪🇺🔬 12 projets scientifiques hébergés au CNRS sont récompensés par une bourse ERC Consolidator du Conseil européen de la recherche, qui soutient chaque année des porteurs et porteuses de projets européens de recherche exploratoire en milieu de carrière, grâce au programme cadre Horizon Europe.

Good news! Wellcome 🇫🇷🇪🇺 !

Thanks Manvendra! There is indeed a TE network in France, which probably has the largest community of TE aficionados. check here: www.mobil-et.cnrs.fr/en/

Thanks so much Emilie!!

Thanks Alex!! Totally mutual!! Your work on epigenetic evolution is really inspiring!

Thanks Pierre!!

Thanks Vincent!!

Thanks Anne!!

Thanks Max!!!

📢The project will start in Summer 2026 and we will be recruiting postdocs interested in TE–host relationships, protein evolution and AI-powered genomics. If this resonates, feel free to reach out! More details soon.

🙏 Huge thanks to everyone who read drafts, challenged ideas, shared feedback and kept spirits up during the writing and interview stages, and to my team for their hard work, discussions and constant enthusiasm that pushed this proposal forward!!

💡With HosTEome, we will chart TE–host relationships across the eukaryotic tree of life, follow their coevolution, and ask how cellular context and specific molecular partnerships shape whether a TE invasion can take hold and persist, or instead is contained and eventually goes extinct.

🧬TEs are some of the most successful genetic invaders, reshaping chromosomes, rewiring gene regulation and sometimes contributing to adaptation and disease. A central question is when a genome becomes a “welcoming” environment for these elements, and how that changes across the tree of life.

🎉 Very grateful and proud to share that I have been awarded an #ERCCoG to support our research on transposable elements!!! @erc.europa.eu @cnrs.fr @cnrsbiologie.bsky.social @parissaclay.bsky.social @ips2parissaclay.bsky.social

Transposable elements are vectors of recurrent transgenerational epigenetic inheritance DNA methylation loss at transposable elements (TEs) can affect neighboring genes and be epigenetically inherited in plants, yet the determinants and significance of this additional system of inheritan...

Happy to share the results of a long-haul post-doc project, now online @science.org, aiming at understanding the rules of transgeneration epigenetic inheritance over TEs in plants and its extent and impact in nature. More below!
doi.org/10.1126/scie...

An RNA Splicing System that Excises Transposons from Animal mRNAs All genomes harbor mobile genetic parasites called transposable elements (TEs). Here we describe a system, which we term SOS splicing, that protects C. elegans and human genes from DNA transposon-medi...

Cool story - SOS splicing to remove transposons in mRNA! Though not by the spliceosome.

www.biorxiv.org/content/10.1...

Drosophila Genetic Database The Drosophila Genetic Database, FlyBase, is on the brink of collapse due to the sudden termination of the FlyBase NIH grant, which includes salaries for 5 literature curators based at the University ...

Flybase lost all of the NIH support overnight - it is a disaster for the community. Please consider donating. I just did! www.philanthropy.cam.ac.uk/give-to-camb...

A three year postdoctoral position is available in my group, investigating plant centromere structure, function and evolution @camplantsci.bsky.social
www.jobs.cam.ac.uk/job/51488/

Our preprint has now found a wonderful home in @molbioevol.bsky.social. Shout out to our collaborators in the Mozgova lab too 💚

See you at Jussieu in Paris tomorrow at 1:30 PM! We will march by the Statue of Liberty at Luxembourg Garden, a great symbol of our treasured alliance and shared values! 🧪🗽 @standupforscifr.bsky.social @sufs-paris-rp.bsky.social @standupforscience.bsky.social

When your kids ask you what you did to save US science in the crisis of ‘25, you will say that you showed up! Please spread the word and join us!!
@standupforscience.bsky.social

Diagram of somatic TE insertions across the A. thaliana genome

In our latest @biorxiv-genomic.bsky.social preprint, we describe our approach to use PacBio HiFi reads to detect somatic TE transposition -- good enough to detect rare events that are present in only single cells. Led by Andrea Movilli.
#plantscience
www.biorxiv.org/content/10.1...

CRISPR targeting of H3K4me3 activates gene expression and unlocks centromeric crossover recombination in Arabidopsis H3K4me3 is a fundamental and highly conserved chromatin mark across eukaryotes, playing a central role in many genome-related processes, including transcription, maintenance of cell identity, DNA dama...

Very nice new paper from my neighbours www.biorxiv.org/content/10.1...

Long-read detection of transposable element mobilization in the soma of hypomethylated Arabidopsis thaliana individuals https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.07.637047v1