Cynthia SC

Guía en español: 🔗 github.com/el-arkhe/scr...

𝗪𝗼𝗿𝗸𝗶𝗻𝗴 𝘄𝗶𝘁𝗵 𝘀𝗰𝗥𝗡𝗔-𝘀𝗲𝗾 𝗱𝗮𝘁𝗮?
One of the decisions when selecting a dataset is understanding which Chromium chemistry was used.
Understand 10X Genomics 𝗰𝗵𝗲𝗺𝗶𝘀𝘁𝗿𝗶𝗲𝘀: v3.1 vs GEM-X v4 and how they impact dataset selection.
A reference is on the first comment.

#scRNAseq #10XGenomics #ElArkhe

Sí eres práctico, puedes consultar este ejemplo ilustrativo:
github.com/el-arkhe/scr...
Comenta, Qué estrategias utilizas para evaluar la robustez de sus pipelines de análisis single-cell?

¿Con qué frecuencia ponemos a prueba la robustez de nuestros pipelines de análisis single-cell?
Una estrategia práctica para ello es el submuestreo (subsampling), el cuál permite simular datasets más pequeños para evaluar decisiones analíticas.
Para quienes tengan interés:
github.com/el-arkhe/scr...

🔗 cyntsc.github.io/single_cell_...
🔗 cyntsc.github.io/single_cell_...

El Arkhe: Serie Taller scRNA-seq - YouTube **El Arkhe: Serie Taller scRNA-seq** Esta lista de reproducción introduce de manera práctica el pipeline de Cell Ranger y los fundamentos del análisis de dat...

Hola 👋
En LATAM el cómputo es un cuello de botella para analizar datos single-cell. El computo en la nube es una alternativa estrategica.
Comparto 3 mini-videos e introducción a 10X Genomics on the Cloud. Mas links en comentarios.
📹 youtube.com/playlist?lis...
#SingleCell #CloudComputing #LATAM

Con un poco de retraso 🫢, agradezco mucho las amables palabras de Leo @lcolladotor.bsky.social , un gran líder en su ámbito del que aprendí muchísimo. Seguimos por aquí, mil gracias.

Hola 👋
Preparando materiales de scRNA-seq, armé un notebook sobre Seurat v4 versus Seurat v5
Resumo los principales cambios conceptuales y estructurales que impactan scRNA-seq.
Si usas Seurat o piensas migrar a v5, puede serte útil.

🔗 cyntsc.github.io/single_cell_...

#scRNAseq #Seurat #SingleCell

Aqui reactivando mi abandonada cuenta 😅 y compartiendo esta noticia:
Para interesados en agricultura, se ha presentado FX-Cell, un método que ayudan a superar la dificultad para obtener células individuales viables para scRNA-seq.
www.nature.com/articles/s41...
#plantbiology #singlecell #CICY

[2025-05-21] Journal club on brain multiome papers YouTube video by Leonardo Collado Torres

🔬 Diving into ATAC-seq workflows?
You've likely heard about Seurat, Signac, MACS2, Cicero, and chromVAR—core components in many workflows.
Here’s a quick overview I put together that showcases different approaches used across recent studies.
youtu.be/R5P8mGMXuIg?...
#SingleCell #Epigenomics #LIBD

Poster-Session-Epigenomics-Sciences-Cluster

¡Hola! 👋 Avances en nuestra investigación sobre la habenula humana, clave en motivación y estrés.
Usamos single-cell, epigenomics y spatial data para estudiarla.
Presentado en el 2025 Epigenomics Sciences Symposium (JHU). 🧠✨
#SingleCell #Epigenomics #LIBD

👉 Sharing a talk of the molecular neuroanatomical map of the human prefrontal cortex. This study integrates Visium Spatial data with snRNA-seq to map cell types and interactions across spatial domains. Le
Watch here: youtu.be/EhP5-mhw29w
Slides on video
Explore: research.libd.org/spatialDLPFC/

Clustering methods in multiome scRNA-seq and scATAC-seq Main topics covered on this talk: Introducing the Weighted-Nearest Neighbor (WNN) for multimodal analysis A glance of WNN clustering algorithms availa…

🚀 Interested in multimodal analysis with WNN in Seurat?
Check out my recent RStatClub presentation, where we dive into Jaccard, canonical gene expression, and Silhouette for clustering evaluation!
📺 Watch here: speakerdeck.com/cyntsc/clust...
📑 Slides: www.youtube.com/watch?v=mE77...
#RStats

[2024-12-11] ArchR journal club YouTube video by Leonardo Collado Torres

🚀 Sharing insights on ArchR, a powerful tool for single-cell chromatin accessibility analysis! 🎯 ArchR excels in large datasets and integrates scATACseq with scRNAseq for cutting-edge multi-modal studies.
🎥 Dive deeper with the video: youtu.be/XNZx5Dlp6jY?...

#Bioinformatics #10xGenomics #LIBD

#LIBD #SingleCellAnalysis #RNASeq #Bioinformatics #SpatialData

📊 Extraído de la presentación de @mbarse.bsky.social en nuestro Journal Club, abajo se resumen métricas compartidas y diferentes de Space Ranger para datos Visium 10x standard y Visium 10x Cytassist. Interesados en el análisis espacial y plataformas Visium?
🔗 Más: speakerdeck.com/manishabarse...

GLM-PCA overview Presented by Cynthia Cardinault Feature selection by approximate multinomial deviance .

📑 Más información: speakerdeck.com/cyntsc/glm-p...

[2024-08-09] GLM-PCA overview YouTube video by Leonardo Collado Torres

✨ Comparto desde nuestro `Journal Club` esta presentacion donde exploro `Feature selection and dimension reduction for single-cell RNAseq`. Si te interesa cómo aplicar modelos multinomiales en scRNAseq, ¡dale un vistazo! 🎥
🔗 Video: [GLM-PCA en acción](www.youtube.com/watch?v=8cyf...)
#LIBD #RNASeq

[2024-10-11] An overview of the CellRanger-ARC Pipeline Analysis YouTube video by Leonardo Collado Torres

Hi ! I am new here and I like to present my interests with this video from our Journal Club! This is an overview of the multiome analysis for scATACseq and scRNAseq using several
#CellRanger pipelines. This is inspired by our work at #LIBD and resources from 10x Genomics. youtu.be/fHVLi9-sftM?...